Projet de recherche C3/014 (Action de recherche C3)
Contexte
Les Centres de Ressources Biologiques (CRB) sont reconnus comme des éléments clés de l’infrastructure scientifique et technologique des sciences biologiques et de la biotechnologie (rapport OCDE mars 2001, www.SourceOECD.org). Les CRB contiennent les collections de (micro)organismes cultivables, des parties replicables de ces organismes, organismes viables mais non cultivables, cellules et tissus, ainsi que les banques de données contenant les informations moléculaires, physiologiques et structurales concernant ces collections.
En Belgique, 4 collections complémentaires de service public et basées sur la recherche, chacune insérée dans les Universités ou Instituts scientifiques qui en furent à l’origine, opèrent comme un Réseau National de CRB, les ‘Belgian Coordinated Collections of Microorganisms’ (BCCM), coordonné par la Politique Scientifique Fédérale Belge.
Description du projet
Les ‘Belgian Coordinated Collections of Micro-organisms’ (BCCM) sont un consortium de centres de ressources biologiques décentralisés, qui contiennent à présent des collections importantes de bactéries (BCCM/LMG), de champignons et levures agro-industriels (BCCM/MUCL), de champignons et levures bio-médicaux (BCCM/IHEM) et des plasmides et bibliothèques de cDNA (BCCM/LMBP). Ces collections de materiel biologique, informations relatées et connaissance scientifique sont disponibles publiquement pour la communauté scientifique.
Durant le projet, les partenaires ont pour but d’augmenter le patrimoine et d’élargir le domaine du consortium BCCM en y reliant des collections additionnelles de types d’organismes intéressants, présents dans des laboratoires de recherche belges.
Partant de plusieurs collections de recherche, trois collections ont été sélectionnées sur base de la variété de leurs souches, leur caractère unique, et le niveau d’expertise scientifique associé : la collection de Diatomees de l’Université de Gand, la collection de Cyanobactéries polaires à l’Université de Liège et la collection de Mycobactéries de l’Institut de Médecine Tropicale d’Anvers.
Les trois collections faisant partie de ce projet constituent des ressources biologiques qui sont à présent sous-représentées dans les collections de culture du monde entier, malgré leur intérêt pour des recherches scientifiques, industrielles, environnementales et médicales.
Dans ce contexte, le but des BCCM et plus spécifiquement de BCCM/LMG, est de partager sa connaissance et son expertise dans le domaine de la gestion et l’opération d‘une collection de culture, et d’assister la transition de collections de recherche vers des collections de service public basées sur la recherche et des CRBs professionnelles.
Sur base de la participation active de BCCM/LMG dans les initiatives et réseaux concernant les CRB internationaux comme CABRI, EBRCN, ECCO, WFCC, GBIF, OECD etc., BCCM/LMG est à même de prodiguer cette guidance experte.
Pour réaliser ce projet, 11 ‘Workpackages’ (WPs) ont été définis:
WP 1: Sélection des souches/isolats qui seront publiquement disponibles
WP 2: Contrôles de la viabilité et pureté des souches/isolats sélectionnés
WP 3: Contrôles de l’authenticité
WP 4: Optimisation des techniques de préservation
WP 5: Conservation des souches/isolats
WP 6: Charactérisation phénotypique et/ou génotypique détaillée
WP 7: Restructuration des bases de données pour correspondre aux formats BCCM existants
WP 8: Création d’un site sur Internet pour les collections et intégration dans le site web des BCCM
WP 9: Elaboration des procédures de Contrôle de Qualité
WP 10: Elaboration d’un cadre légal et administratif pour réaliser une collection de service public
WP 11: Support et coordination
Le projet permettra aux collections Diatomees, Cyanobactéries polaires et Mycobactéries d’évoluer de l’état de collections de recherche locales vers des collections de service public reliées au BCCM, ouvertes à tous les utilisateurs légitimes et opérant dans un cadre légal.
La présentation en ligne des catalogues de leurs accessions par le site web BCCM augmentera significativement leur visibilité et facilitera leur accessibilité.
La valorisation est spécifique pour les differentes sortes d’organismes et mettent en valeur des domaines de valorisation différents comme la biodiversité, les composés bioactifs et la microbiologie médicale.
Etendre le domaine des BCCM en reliant des ressources biologiques additionnelles renforcera sa position comme BRC renommé et comme plate-forme pour les sciences biologiques et la biotechnologie.
Ce projet assistera le gouvernement belge pour répondre aux recommandations et à l’appel aux initiatives effectués par le rapport de l’OECD (Mars 2001), en cherchant à renforcer sélectivement des collections ex-situ de valeur, et en supportant l’évolution de ces collections vers le niveau de qualité requis pour une reconnaissance comme BRC.
Partenaires
Ce projet est en grande partie bassé sur l’expertise de BCCM/LMG, acquise depuis le lancement de l’initiative BCCM par la Politique Scientifique Fédérale en 1983.
Dans le contexte du projet, BCCM/LMG (Partenaire 1, coördinateur) partagera sa connaissance dans le domaine de la gestion et de l’opération d‘un BRC avec ses partenaires :
- une collection de diatomees, comprenant des espèces representatives de tous les grands groupes phylogéniques et écologiques (Université de Gand, Partenaire 2)
- une collection de 200 souches de cyanobactéries polaires, représantant les ordres Chroococcales, Oscillatoriales et Nostocales (Université de Liège, Partenaire 3),
- une collection de mycobactéries pathogènes pour hommes et animaux, dont les plus importantes appartiennent aux espèces M. tuberculosis, M. leprae et M. ulcerans (Institut de Médecine Tropical, Partenaire 4).
Partenaire 1 (coordinateur): BCCM/LMG, Universiteit Gent
Promotor: Prof. Paul De Vos
Laboratorium voor Microbiologie
K.L. Ledeganckstraat 35
9000 Gent
Tel: 09 264 5110
Fax: 09 264 5092
Email: Paul.devos@ugent.be
http://lmg.UGent.be; http://bccm.belspo.be/
Partenaire 2: Diatomeeën collectie , Universiteit Gent
Promotor: Prof. Wim Vijverman
Laboratorium Protistologie en Aquatische Ecologie (PAE)
Krijgslaan 281, S8
9000 Gent
Tel: 09 264 85 01
Fax: 09 264 85 99
Email: wim.vijverman@ugent.be
www.pae.ugent.be
Partenaire 3: Collection de cyanobactéries polaires, Université de Liège (Ulg)
Promotor: Dr. Annick Wilmotte
C.I.P.
Sart Tilman B6
4000 LIEGE
Tel: 04/366.38.56
Fax: 04/366.33.64
Email: awilmotte@ulg.ac.be
www.cip.ulg.ac.be
Partenaire 4: Mycobacteriën collectie, Prince Leopold Institute of Tropical Medicine (ITG)
Promotor: Prof. Françoise Portaels
Mycobacteriology unit
Nationalestraat 155
B-2000 Antwerp
Tel: 03 2476538
Fax: 03 2476333
Email: kjanssens@itg.be
www.itg.be
Comité d’utilisateurs
Des utilisateurs représentatifs venant des Instituts de Recherche, d’ organisations publiques et de l’industrie ont exprimé leur intérêt dans le projet et ses résultats prévu, et sont prêts à contribuer activement au projet.
Membre 1: Royal Botanical Garden Edinburgh, UK (Institut de Recherche)
Membre 2: Université de Liège, Département d’Astrofysica, Geofysica et Oceanographie, BE (Institut de recherche)
Membre 3: Vicuron Pharmaceuticals (Industrie) & Université d’Insubria, Département Biotechnologie et Sciences Moleculaires (Institut de Recherche) , Varese Italië
Membre 4: World Health Organization, Geneve, Zwitserland (Instance publique)
Membre 5: Johnson & Johnson Pharmaceuticals, Beerse, BE (Industrie)
Membre 6: Université Libre de Bruxelles, Service de Chimie Organique, BE (Institut de Recherche)
Membre 7: IMEC, BE (Institut de Recherche)
Membre 8: Vlaams Instituut voor de Zee VLIZ, BE (Institut de Recherche)
Membre 9: Institut Scientifique de Santé Publique, BE (Instance publique)
Les partenaires se réuniront au moins une fois par an avec le comité d’utilisateurs.
